利用qPCR结合NGS,西湖大学首次证实细菌促进癌症转移

作为女性最常见的恶性肿瘤之一,影响乳腺癌进展的因素十分复杂且尚未明晰。4月7日,西湖大学生命科学学院蔡尚团队在《细胞》在线发表的最新研究论文,首次证实了乳腺癌组织中存在多种独特的“胞内菌”,并揭示了它们在肿瘤转移定植过程中所起的关键作用。这一研究为深入理解肿瘤转移及临床治疗提供了全新思路。

什么是16S rRNA?

16S rRNA 基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因,长度约为1542bp,其分子大小适中,突变率小,是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。

16S rRNA基因序列包括9个可变区和10个保守区,保守区序列反映了物种间的亲缘关系, 而可变区序列则能体现物种间的差异。 

16S rRNA基因测序以细菌16S rRNA基因测序为主,核心是研究样品中的物种分类、物种丰度以及系统进化。

二代高通量测序原理

目前二代测序是一个边合成边测序的过程,使用的是荧光可逆终止子。每个可逆终止子的碱基3’端都有一个阻断基团,而在侧边带有一种荧光。由于有4种不同的碱基(ATCG),因此也会有对应4种不同颜色的荧光。开始扩增每次结合上一个碱基,DNA的扩增便会停止,此时能收到一种荧光信号。然后放试剂除去阻断基团,进行下一个碱基的结合,以此类推得到一连串的荧光信号组合序列。而根据荧光的颜色我们便可以确定每一个位点的基因型,即可以得到这一段DNA片段的序列。


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