qPCR扩增曲线一般分成四个阶段:基线期、指数期、线性期和平台期。那么每个阶段PCR产物量的变化都有什么区别呢?哪个阶段最重要呢?小编这就一一道来。
基线期
PCR起始时,刚开始前几个循环的荧光信号还没有发生变化,接近一条直线,将其称之为基线,一般是3-15个循环。在基线期内,扩增的荧光信号被背景荧光信号所掩盖,无法判断PCR产物量的变化。
指数期
扩增的荧光信号高于背景荧光信号,扩增曲线起峰,开始进入指数期。在指数期内,每个循环积聚的产物准确加倍(假定100%反应效率)。该阶段的PCR反应具有高度特异性和精确度。因为所有试剂均充足,反应的动力学推动反应有利于扩增子加倍,所以产物出现指数级扩增。只有在这个阶段,Cq值与初始模板量的对数之间存在线性关系,所以在此阶段进行定量分析最合适。
线性期(高变异性)
随着PCR反应体系各成分的消耗,其中的一种或者多种成分限制反应,导致反应开始减缓,并且每个循环的PCR产物不再加倍,该阶段不再是指数级扩增。
平台期
反应停止,不再产生更多产物,并且如果放置时间够长,PCR产物将开始降解。因为每个样品具有不同的反应动力学,所以每支试管或每个反应将在不同的时间点进入平台期,最终的产物含量也各不相同。
由于线性期和平台期的扩增产物已不再呈指数级的增加,PCR的产物量与初始模板量之间没有线性关系,所以也不能通过这两个阶段的PCR产物量计算出初始模板量。想要知道初始模板量的多少,还要依赖指数期的Cq值进行计算。
▲ 图1. qPCR 反应的重要阶段
如图所示,标准的扩增曲线是呈现S型的。曲线是否符合标准,不仅跟样本起始量、qPCR体系配制、反应程序等相关,更依赖于一套高品质的实时荧光定量PCR系统。对于实时荧光定量PCR系统来说,高度检测灵敏度、高度重复性和高度稳定性,是每一台qPCR仪的追求。
高性能的Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统完全符合以上要求,该系统来自美国Azure Biosystems公司,融合了高品质的帕尔特温度模块和基于光纤传输的光学检测系统,为您的科学研究提供高精准、高灵敏可靠结果。提供Azure Cielo-3通道和Azure Cielo-6通道,可根据实验需求灵活配置。
同时配有10.3”触控系统,主机本身可独立运行、连接、远程交互,让您随时随地知悉实验进程和及时获得实验结果。
▲ 图2. Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统
高度的灵敏度
使用探针法,同时在Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统和其他品牌产品上检测GAPDH基因,结果表明:A)Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统对单拷贝基因的检出率更高。B)Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的Cq平均值要低于2个Cq。
▲ 图3. 单拷贝基因检测对比(n=96)
高度的重复性
源于优异的孔间均一性。105拷贝数GAPDH模板,GAPDH引物扩增,96孔重复结果。Cq平均值=19.1,变异系数(Cv)=0.002。
▲ 图4. 96孔重复扩增曲线 A)线性图 B)对数图
高度的稳定性
稳定可靠的温度模块和光学系统,确保仪器连续运行1000轮qPCR实验,数据依然稳定可靠,重复性高度一致。对GAPDH进行检测并连续计算Cq值得出平均值和Cq值的标准偏差。Cq值=22.4+0.01。
▲ 图5. 长时间连续工作数据稳定
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